Das Graphenlabor kann für solche Anwendungen benutzt werden. Hierzu werden die Typsysteme in Dateien gespeichert. Aus diesen Dateien können die Graphklassen abgeleitet und zugehörige Graphen geladen werden. Dabei werden auch die Bezeichner der Typen und Attribute rekonstruiert, sodaß man die Graphen mit ihren ursprünglichen Bedeutungen bearbeiten kann.
Man kann also mit dem Graphenlabor Programme entwickeln, die Algorithmen auf beliebigen Graphen ausführen. Die einzige Einschränkung besteht darin, daß die Graphen im Dateiformat des Graphenlabors (siehe Anhang) gespeichert sein müssen.